В марте 2001 года Мерцлин А.А. поступил на службу в Прокуратуру г. Москвы на должность помощника следователя (специалиста 1 категории) Нагатинской межрайонной прокуратуры г. Москвы, где подготавливал проекты процессуальных документов, осуществлял техническую помощь следователям в расследовании уголовных дел, проведении следственных действий и проведении проверок по материалам на наличие признаков состава преступления.

В декабре 2001 года назначен на должность следователя Нагатинской межрайонной прокуратуры г. Москвы, где расследовал различные категории уголовных дел, такие как: Убийство (ст. 105 УК РФ), Умышленное причинение тяжкого вреда здоровью (ст. 111 УК РФ), Похищение человека (ст. 126 УК РФ), Незаконное лишение свободы (ст. 127 УК РФ), Изнасилование (ст. 131 УК РФ), Насильственные действия сексуального характера (ст. 132 УК РФ), Развратные действия (ст. 135 УК РФ); проводил проверки по материалам на наличие признаков состава преступления; участвовал в организации и проведении оперативно-розыскных мероприятий.

В 2002 году закончил очное отделение Московского Государственного Университета Сервиса, где защитил квалификацию ЮРИСТ по специальности «Юриспруденция». Дипломную работу защитил по теме: «Прокурорский надзор за исполнением законодательства о несовершеннолетних и молодежи».

В июле 2003 года откомандирован в состав постоянно действующей следственно-оперативной группы прокуратуры ЮАО г. Москвы, где расследовал уголовные дела об умышленных убийствах, причинении тяжкого вреда здоровью, повлекшего смерть потерпевшего, должностных преступлениях, в том числе многоэпизодных.

Постановлением заместителя прокурора города Москвы от 06 февраля 2004 года вошел в состав следственной группы Управления по расследованию бандитизма и убийств прокуратуры г. Москвы, где расследовал уголовное дело, возбужденное по факту взрыва в Московском метрополитене между станциями "Автозаводская-Павелецкая", по признакам преступлений, предусмотренных ч. 3 ст. 205 УК РФ (Террористический акт), ч. 2 ст. 105 УК РФ (Убийство).

С 21 июня 2005 года откомандирован в следственную группу Управления по расследованию особо важных дел Генеральной прокуратуры РФ по уголовному делу, объединенному по фактам взрывов в городах Москва, Воронеж и Краснодар в 2003-2005 годах, повлекших массовую гибель и ранение граждан.

Уголовное дело по окончании расследования направлено для рассмотрения по существу в Московский городской суд. Приговором суда обвиняемые приговорены к мере наказания в виде пожизненного заключения. Приговор вступил в законную силу.

Приказом Генерального прокурора РФ Чайка Ю.Я. за расследование вышеуказанного уголовного дела поощрен досрочным присвоением классного чина – младший советник юстиции.

С 09 января 2007 года, продолжил работу в Нагатинской межрайонной прокуратуре г. Москвы, где принял к производству уголовные дела различной категории, такие как: Убийство (ст. 105 УК РФ), Умышленное причинение тяжкого вреда здоровью (ст. 111 УК РФ), Похищение человека (ст. 126 УК РФ), Незаконное лишение свободы (ст. 127 УК РФ), Изнасилование (ст. 131 УК РФ), Насильственные действия сексуального характера (ст. 132 УК РФ), Развратные действия (ст. 135 УК РФ), Нарушение авторских и смежных прав (ст. 146 УК РФ), Мошенничество (ст. 159 УК РФ), Разбой (ст. 162 УК РФ), Производство, хранение, перевозка либо сбыт товаров и продукции, выполнение работ или оказание услуг, не отвечающих требованиям безопасности (ст. 238 УК РФ), Нарушение правил дорожного движения и эксплуатации транспортных средств (ст. 264 УК РФ), Возбуждение ненависти либо вражды, а равно унижение человеческого достоинства (ст. 282 УК РФ), Применение насилия против представителя власти (ст. 318 УК РФ), Оскорбление представителя власти (ст. 319 УК РФ), в том числе расследовал и направил в суд сложные уголовные дела о тяжких преступлениях, предусмотренных ч. 3 ст. 286 УК РФ (Превышение должностных полномочий) и ч. 2 ст. 216 УК РФ (Нарушение правил безопасности при ведении горных, строительных или иных работ).

07 сентября 2007 года в ходе реорганизации органов прокуратуры РФ назначен на должность заместителя руководителя следственного отдела по Нагатинскому району Следственного управления Следственного комитета при прокуратуре Российской Федерации по г. Москве, где осуществлял руководство следователями отдела в расследовании уголовных дел подследственных органам прокуратуры, проведение проверок по материалам на наличие признаков состава преступления, соблюдении требований уголовного законодательства РФ, расследовал уголовные дела принятые к своему производству, вел статистическую отчетность отдела, осуществлял прием граждан, проведение совещаний и заслушиваний по уголовным делам и материалам проверки на наличие признаков состава преступления, участвовал в окружных и городских совещаниях, коллегиях.

Весной 2008 года прошел повышение квалификации участвуя в специальном семинаре руководителей следственных подразделений органов предварительного следствия в системе МВД России и Следственного комитета при прокуратуре РФ во Всероссийском институте повышения квалификации сотрудников МВД России, получив соответствующий сертификат.

В занимаемой должности, руководством Следственного управления Следственного комитета при прокуратуре РФ по г. Москве поощрен за расследование и направление в суд сложно доказуемого уголовного дела, предусмотренного ч. 2 ст. 216 УК РФ (Нарушение правил безопасности при ведении горных, строительных или иных работ).

С 05 августа 2008 года с целью повышения квалификации в прокурорской деятельности, назначен на должность старшего помощника прокурора Южного административного округа г. Москвы.

В соответствии с распределением обязанностей осуществлял надзор за процессуальной деятельностью органов внутренних дел и юстиции, ФСКН, надзор за исполнением административного законодательства в органах ОГИБДД УВД по ЮАО г. Москвы, Отделением иммиграционного контроля в ЮАО УФМС России по г. Москве, Управлением по ЮАО ГУ МЧС России по г. Москве, надзор за соблюдением трудового законодательства, законодательства об охране труда и технике безопасности, законодательства о законном обороте наркотических средств и психотропных веществ; участвовал в рассмотрении судом жалоб в порядке ст. 125 УПК РФ, ходатайств следователей об избрании, изменении меры пресечения в виде заключения под стражу, ходатайств о продлении срока содержания обвиняемого под стражей, вел прием граждан, анализировал и составлял статистическую отчетность о проделанной работе прокуратурой округа, подготавливал материалы для проведения совещаний с правоохранительными органами и государственными органами округа.

В занимаемой должности поощрен прокурором г. Москвы за примерное исполнение своих служебных обязанностей, продолжительную и безупречную службу в органах прокуратуры.

В ноябре 2010 года назначен на должность прокурора отдела по надзору за соблюдением федерального законодательства, прав и свобод граждан Управления по надзору за соблюдением федерального законодательства прокуратуры г. Москвы, где проводил проверки на предмет соблюдения законодательства в социальной сфере по обращениям депутатов Государственной Думы РФ, членов Совета Федерации и иных должностных лиц, находящихся на особом контроле и контроле; проводил проверки по обращениям граждан и организаций о нарушении законодательства в социальной сфере; осуществлял надзор за соблюдением законодательства в деятельности Департамента торговли и услуг г. Москвы и ГУП «Ритуал», надзор за соблюдением законодательства о порядке рассмотрения обращений граждан и организаций; анализировал и составлял квартальные отчеты о работе отдела; подготавливал проекты мер прокурорского реагирования при выявлении нарушений действующего законодательства в деятельности государственных органов города, проводил проверки в поднадзорных окружных и межрайонных прокуратурах г. Москвы.

В сентябре 2011 года принял решение о рассмотрении своей кандидатуры на оперативную должность в органы Следственного комитета РФ по г. Москве, однако в связи с непредвиденными семейными обстоятельствами и чередой преступлений, совершенных в отношении его семьи, уволился по собственному желанию из органов прокуратуры в звании советника юстиции, проработав там более 10 (десять) лет.

С осени 2011 года продолжил свою трудовую деятельность в Контрольно-ревизионных отделах крупных АгроХолдингах.

В 2015 году начал проводить работу по организации юридической фирмы и подбору профессиональной команды из юристов, проверенных по своим рабочим и личным качествам временем, а в 2016 году учредил Юридическую фирму «Мерцлин и Партнёры».